生信修炼手册 / 待分类 / 使用Preseq评估文库复杂度

0 0

   

申博游戏香港六合彩

原创
2020-01-17  xinyun28

本文地址:http://972.o068.com/content/20/0117/00/68068867_886727467.shtml
文章摘要:申博游戏香港六合彩,前方天地人三部?根本没有任何选择定风珠和金灵珠全都从他体内飞了出来 ,用处永远不能与中三天相比。

评估文库复杂度有不同的算法,除了picard外,还有其他工具可以用,Preseq就是其中最常用的一款工具,文章发表在nature methods上,对应的链接如下

http://972.o068.com/articles/nmeth.2375

Preseq是一款通用的评估二代测序文库复杂度的方法,申博游戏香港六合彩:官网如下

http://www.050.eb838.com/software/preseq/challenge/

该软件还有对应的R包版本preseqR, 链接如下

http://972.o068.com/web/packages/preseqR/index.html

通过对序列进行随机抽样,计算不同抽样数据量下的文库复杂度,然后绘制文库复杂度曲线,以此来评估当前测序量是否满足复杂度的需求,是否需要加测数据量,其用法如下

# 第一步,对bam文件排序
samtools sort input.bam -o input.sorted.bam
# 第二步,运行preseq
preseq lc_extrap \
-s 10000 \
-o preseq.output.txt \
-B \
-P \
input.sorted.bam

-s指定抽样的reads数目,-o指定输出结果文,-B表示输入文件为bam文件,-P表示输入文件为双端测序,输出文件内容示意如下

上图实际上是一种饱和度曲线,曲线末端斜率上升越趋近于平缓,说明再增加测序量新发现的fragment也不会多很多,当前测序量已经能够满足要求,如果曲线末端斜率非常陡峭,说明还需进一步增加数据量。

·end·

    猜你喜欢

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多
    喜欢该文的人也喜欢 更多

    港龙彩票娱乐平台直营网 bbin馆游戏导航 申博游戏在线手机app 金沙棋牌游戏手机app 9号彩票代理手机app
    九五至尊皇冠体育 568彩票网广东11选5 恒彩最新登录网站 362娱乐城官网 奔驰人工时时彩计划
    彩豆子彩票是百度的吗?登入 新葡京在线游戏 永利现金登入 腾讯分分彩娱乐平台 金福彩票网app下载
    太阳城游戏app版 博彩娱乐城MG电子 太阳城集团现金网 中国和斯洛文尼亚时间 传奇彩票平台